A Lei n° 5.164, de 17 de dezembro de 2007, criou a Fundação Estatal dos Hospitais Gerais, a Fundação Estatal dos Hospitais de Urgência e a Fundação Estatal dos Institutos de Saúde e da Central Estadual de Transplante, com o propósito de executar e prestar serviços na área da saúde pública, em especial à Secretaria de Estado de Saúde.
Em 28 de agosto de 2012, a Lei estadual n° 6304 incorporou as três fundações, criando a Fundação Saúde do Estado do Rio de Janeiro. Os serviços prestados são desenvolvidos de acordo com as diretrizes constitucionais e legais previstas para o Sistema Único de Saúde, obedecendo aos princípios gerais que regem a Administração Pública.
A Fundação Saúde tem patrimônio e receitas próprias, goza de autonomia gerencial, orçamentária e financeira e está sujeita à fiscalização de controle interno e do Tribunal de Contas do Estado do Rio de Janeiro.